Herb Gminy to tarcza gotycka typu hiszpańskiego, na której w polu czerwonym, orzeł srebrny z koroną zamkniętą złotą, z takąże przepaską o zwieńczeniu w kształcie koniczyny oraz szponami i dziobem także złotymi. Pod nim dwie skrzyżowane ciupagi o ostrzach złotych do skraju tarczy z drzewcami srebrnymi. Orzeł wywodzi się z przedstawień na pieczęciach gromadzkich i miejskich Czarnego Dunajca z okresu od 1796 do 1914 roku, jak i do królewskiego starostwa nowotarskiego, którego ziemia czarnodunajećka była częścią. Ciupagi są symbolem wolności ludu góralskiego zamieszkującego te ziemie, jak i symbolem siedemnasto-, osiemnasto- i dziewiętnastowiecznych zrywów powstańczych (w tym: górali Chochołowa); symbolu wolności miejscowych sołtysów, kmieci (gazdów) i wójtów, a także zbójnictwa. Barwa czerwona to kolor królewski; srebrny — wolności i niewinności, a złoty — dostojeństwa, ciepła, światła i bogactwa tych ziem. Barwy herbu gminy Czarny Dunajec są tożsame z barwami woj. małopolskiego i powiatu nowotarskiego.
Flagą jest prostokątny płat o proporcjach 5 : 8, dzielony w słup w proporcjach 1:1; pasy pionowe w barwach czerwonym i białym; w lewym czerwonym pasie po środku, biały wizerunek orła srebrnego z koroną zamkniętą złotą, z takąże przepaską o zwieńczeniu w kształcie koniczyny i dziobem także złotym, dwie skrzyżowane ciupagi w słup o ostrzach złotych z drzewcami srebrnymi.Barwy wywodzą się od herbu. Czerwień jest barwą królewską; biel jest symbolem wolności i niewinności oraz śniegu i wód (m.in. przepływającego przez gminę Czarnego Dunajca). Pozostałe na fladze barwy również wywodzą się od barwherbu gminnego.
